Thám tử lừng danh Conan xoay quanh câu chuyện về chàng thám tử trung học Kudo Shinichi, trong một lần đang điều tra đã bị Tổ chức Áo Đen ép uống thuốc độc, khiến cho cơ thể của cậu bị teo nhỏ. Với thân hình của cậu học sinh lớp 1, Shinichi chuyển đến sống ở nhà của người bạn thuở niên thiếu Ran Mori cùng người bố Kogoro Mori. Tại đây, cậu dùng văn phòng thám tử của ông Kogoro để truy tìm tung tích của tổ chức Áo Đen đồng thời giúp ông phá nhiều vụ án dưới một thân phận mới là Conan Edogawa.